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背景 禽流感疫情的爆发和传播受到多种自然因素的影响。本研究尝试将地理信息系统与基因进化树分析相结合,以建立一种基于基因序列变异追踪中国禽流感病毒地理传播的技术。 方法: 本研究的总体流程包括:1)筛选出表征病毒传播能力变化的基因。2)利用计算生物学的方法比较不同传播能力禽流感病毒的同义突变/非同义突变基因(Ka/Ks)比例,确定不同选择选择压力之下A型禽流感病毒的基因突变模式。利用Jukes-Cantor算法估计氨基酸序列变异的进化距离,从而对不同爆发点的H5N1型禽流感进行进化树聚类。利用聚类信息投射至Google Earth,并利用不同图层地理信息对影响爆发点分布的因素做单因素分析。 结果: HA基因是Ka/Ks变异度最大的基因,对于HA基因聚类分析的结果表明2000-2007年间流行于亚欧大陆的H5N1型禽流感病毒主要基因可以分为四类。四类病毒在地理空间分布呈现一定规律。计算发现禽流感爆发相关地理因素排序分别为:内陆水体>主要铁路交通线>家禽密度。结论:对中国H5N1病毒株基因序列变异的地理分布分析显示,禽流感病毒爆发与候鸟迁徙、家禽运输密切相关。
蔡斌,彭谨,江华,杨浩,孙明伟,CharlesDamienLu,胡卫建,曾俊. 追踪中国禽流感病毒基因变异:结合地理数据库信息和基因序列进化树的研究[J]. 中华急诊医学杂志, 2012,21(8): 887-891.